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人类是否有能力抵御病毒风暴?要看这些新颖的测序方法

2020-03-27 14:24 编辑:TF015 来源:北京晚报

近几年里,一系列大胆新颖的测序方法,已经补充到病毒微阵列中。新机器从样本中解读出哺乳动物的大量基因序列数据——这些数据以前因价格昂贵或者耗时太长而无法拿到。这些机器正帮助我们确立一个全新的发现病毒的方法。

这个方法不是寻找特殊的基因信息,而是采集一个样本,也就是一滴血,对其含有的每一个基因信息进行测序。技术上比我说的更为复杂,但结果与你所设想的差不多。能够阅读所提供的生物样本的每一个基因序列,这正是我们一步步靠近的目标。到时候,我们将能够阅读来自宿主样本的每一个DNA或者RNA信息,尤其关键的是,能够阅读追随着它们而来的微生物的每一个基因信息。

中心问题之一就变成了生物信息学——如何对这些奇妙的研究技术所产生的几十亿个基因信息进行整理?幸运的是在一个启蒙运动中,美国国家卫生研究院的科学家们对测序信息加以挑选,建成了一座电子仓库。该电子仓库由著名的美国洛萨拉莫斯国家实验室(Los Alamos National Laboratory)研发,现在被叫作基因库(GenBank)。因为研究资助机构和学术期刊要求科学家们在提交学术论文前先到基因库提交基因序列,我们每年共为其贡献几十亿个基因信息。基因库目前有超过1000亿个基因序列信息,并且其库存数量增长很快。从一次基因测序中确认的一个新序列,能够迅速地与基因库内的序列进行电子比对,看是否有匹配的序列。

在2006年年末和2007年年初,科学家们使用这些技术手段取得了很好的成果。2006年12月上旬,澳大利亚但德隆医院里一位患者因脑溢血死亡,其器官被取下用于移植。一位63岁的老太太和另一个不知名的受体分别移植了他的两个肾,当地一所大学一位64岁的讲师移植了这位男子的肝脏。不幸的是,到了2007年1月上旬,这三位受体都死了。

当地医院和合作实验室开始排查所有常见的罪魁祸首。他们采用 PCR技术,并试图在培养基里培养微生物,甚至尝试了一种病毒微阵列技术,都宣告失败。一种病毒只有在样本经过大量测序后才能被发现。发现病毒的团队由哥伦比亚大学世界级实验室病毒学家伊恩·利普金(Ian Lipkin)领导。他们整理了10多万个基因序列后,发现了属于这个神秘病毒的14个基因序列。真是大海里捞针啊!最终发现的神秘病毒是属于沙粒病毒类的病毒,通常寄居在啮齿类动物身上。如果没有大量测序工作,我们是不可能发现该病毒的。

来源:北京晚报    作者:【美】内森·沃尔夫

流程编辑:TF015

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